Wajib Pajak dapat mengajukan keberatan apabila berpendapat bahwa jumlah kerugian, jumlah pajak, dan pemotongan atau pemungutan pajak tidak sebagaimana mestinya. Kepada Direktur Jenderal Pajak (Dirjen Pajak) diajukan keberatan atas dokumen-dokumen sebagai berikut:
- Surat Ketepan Pajak Kurang Bayar
- Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Tambahan
- Surat Ketetapan Pajak Nihil
- Surat Ketetapan Pajak Lebih Bayar
- Pemotongan atau pemungutan pajak oleh pihak ketiga berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan perpajakan
Ketika keberatan dan banding wajib pajak ditolak atau hanya dikabulkan sebagian, Undang-Undang Harmonisasi Peraturan Perpajakan (HPP) mengurangi besaran sanksi dendanya
Pasal 25 dan 27 UU KUP menjelaskan perubahan sanksi denda. Dengan perubahan yang ada sekarang, maka penalti untuk keberatan dikurangi dari 50% menjadi 30%. Sementara itu Sanksi untuk banding menurun dari 100% menjadi 60%.
Serupa dengan ketentuan sebelumnya, sanksi denda hingga 30% tidak dikenakan jika wajib pajak mengajukan banding, dan pada pasal 27 ayat 5d memuat perubahan sanksi denda atas putusan banding yang menguatkan putusan DJP.
UU HPP juga mengatur hubungan permohonan peninjauan kembali dengan putusan, serta sanksi yang akan diterapkan jika putusan peninjauan kembali mengakibatkan kenaikan jumlah pajak yang masih harus dibayar. Selain itu, putusan pengadilan pajak tidak terhenti atau berhenti jika wajib pajak atau direktur jenderal pajak mengajukan permohonan peninjauan kembali.
Wajib pajak dipidana dengan denda sebesar 60% dari jumlah pajak berdasarkan putusan penelaahan jika keputusan tersebut mengakibatkan bertambahnya jumlah pajak yang harus dibayar.
Dalam waktu dua tahun sejak keputusan peninjauan kembali diterima oleh Dirjen Pajak, Surat Tagihan Pajak untuk sanksi administrasi dikirimkan.
RUU KUP tidak memiliki ketentuan yang akan mengurangi denda atas keberatan atau banding yang menguatkan kesimpulan DJP. Sebelumnya, usulan RUU KUP pemerintah hanya memasukkan ketentuan baru yang mengatur pemberlakuan denda 100% atas putusan uji materiil DJP yang berhasil.